Po pierwsze, jeśli wszystko działa i odczekałeś już kilka godzin na odbudowę wszystkiego, to zrestartuj VM (po bożemu!).
To powinno wystarczyć jeśli migracja jest w pełni udana.
Po drugie - nie zawsze kompletna konfiguracja to tylko i wyłącznie YAML, czasem są opcje nie występujące w YAMLu (więc też je trzeba chwilowo pamiętać)
Po trzecie można zawsze pożonglować backupami (ale odpuść bo to rozwiązanie ostateczne jeśli wszytko inne zawiedzie).
Po czwarte - czy skonfigurowałeś nową instalację do pracy z tym samym IP co miałeś dotychczas? (to wpływa tylko na pracę wybranych komponentów powiązanych z konfiguracją sieci)
Po piąte - pytanie z ciekawości - backup przywracałeś na etapie onboardingu (zamiast konfigurowania czegokolwiek), czy może konfigurowałęś i dopiwero potem przywróciłeś backup?
PS
Tak zupełnie z innej beczki - wirtualizacja w proxmoxie nie jest obowiązkową drogą, od paru lat jest możliwość instalacji bare-metal.
Jeśli na RPi maiłeś instalację natywną (HAOS dla wybranego modelu RPi), to na platformie x86-64 jest jej ścisły odpowiednik - HAOS-generic.