Powody są takie jak napisałem: nieradzenie sobie z thin volume/pool. Wg zamysłu autorów Clonezilli, po wykryciu thin pool powinna ona zgłosić nieobsługiwany system i przerwać działanie. Z jakiegoś powodu jednak tego nie robi i powstaje wadliwa kopia. Patrz ten wątek na github (lisz8 to ja).
Potraktuj zatem mój post jako ostrzeżenie, aby nie używać Clonezilli do backupowania dysku Proxmox. Dotyczy to backupu dysk → image (pliki). Klonowanie dysk → dysk działa ok, gdyż tam Clonezilla używa dd bodaj na całym dysku (nie pamiętam dokładnie, ale osobiście przenosiłem tak instalacje Proxmoxa na większe dyski).
Więcej szczegółów dla zainteresowanych
Przy typowej/domyślnej instalacji Proxmox, powstają 3 partycje typu podstawowego (przykład dla dysku SATA):
/dev/sda1 34 2047 2014 1007K BIOS boot
/dev/sda2 2048 1050623 1048576 512M EFI System
/dev/sda3 1050624 498019612 496968989 237G Linux LVM
Pierwsze 2 są związane z bootowaniem, a na 3. znajduje się system LVM. Jest tam utworzony 1 wolumin fizyczny (PV) i w jego ramach 3 woluminy logiczne: root, data i swap. Pierwszy sformatowany jest jako ext4 i jest tam sam Proxmox - widoczny w jest w GUI jako local. Drugi (data) przeznaczony jest na maszyny wirtualne, jest to local-lvm w GUI. W momencie tworzenia pierwszej VM/kontenera, Proxmox zakłada tam thin pool i od tego momentu przestaje to być kompatybilne z Clonezillą. Kopię można zrobić, a po odtworzeniu (z błędem) Proxmox wybootuje, ale thin pool nie będzie istniał, instalacja będzie skopana.