Dziwne, masz radiator, który się styka z prockiem?
Testy robiłem parę lat temu, i throttling zwalniał proca wielokrotnie, ale bez wywrotek.
Monitorujesz też obciążenie RAM i swapa? (oprócz procka)
Jeśli tak, to wrzuć to na jednym wykresie, może RAMu brakło?
W końcu RPi3 ma tylko 1GB (gdybym nadal był na takim sprzęcie to przed kompilacją zatrzymałbym wszystkie inne Dodatki).
Metoda na sztuczne powiększenie swapa w HAOS jest w tamtym wątku
o ile oczywiście masz system na ssd, bo kartę TF to zajeździsz swapowaniem.
Obrazek na potrzeby tego wątku - 2 równoczesne kompilacje (zaktualizowałem sporo sprzętu, gdy w jednym oknie się kończyło zaczynałem następne w drugim)
4GB RAM, więc 20%=~800MB
@Marcin_Domański dopiero teraz zwróciłem uwagę na temperatury na twoim obrazku - moim zdaniem procek w twoim RPi nawet nie throttluje (BCM2837B0 zrzuca zegar o połowę dopiero w okolicy 75 °C), przyczyną nie jest przegrzewanie, myślę że to brak RAMu.