Nie łączysz tych instancji w jeden plik konfiguracyjny, każda ma swoją oddzielną konfigurację. Zostało to opisane tu …
https://forum.arturhome.pl/t/zigbee2mqtt-dwie-instalacje-w-jednym-ha/4441
Edit. ups… ktoś usunął treść ? Może @szopen mógłby zerknąć za zgubą …?